A estrutura organizacional da Epagri compreende, no nível político-estratégico, a sede administrativa, integrada pelos órgãos deliberativos e de fiscalização, a diretoria executiva, as gerências estaduais e as assessorias, competindo-lhes a formulação de políticas, diretrizes, estratégias e o estabelecimento de prioridades; análise da gestão econômico-financeira; coordenação, avaliação, suporte institucional e articulação interinstitucional.
No nível tático-operacional, compete às gerências regionais – compostas por escritórios municipais, às unidades de pesquisa, com seus campos experimentais, e aos centros de treinamento – o cumprimento das políticas, diretrizes, estratégias e prioridades; formulação e execução de projetos; administração dos recursos humanos, materiais e financeiros; articulação e suporte intrarregional; participação nos planos municipais de desenvolvimento rural e na articulação local.



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